W samym środku parku narodowego znajduje się jezioro Łebsko.

Jest jeziorem słonawowodnym, które powstało w wyniku podniesienia się poziomu morza i zalania przybrzeżnych terenów. Do jeziora wpada rzeka Łeba, która następnie uchodzi do Morza Bałtyckiego. 

Odcinek Łeby pomiędzy jeziorem a Bałtykiem jest stosunkowo krótki, przez co okresowo do Łebska dostaje się woda morska. Na jego północnym brzegu znajduje się Wydma Łącka.

Jezioro sukcesywnie zmniejsza swoją wielkość oraz wypłyca się w wyniku materiału nanoszonego przez rzekę Łebę oraz piasek nawiewany z okolicznych wydm. Od 1941 roku powierzchnia zbiornika zmniejszyła się o około 382 ha.

Jezioro podlega ochronie czynnej dzięki czemu można przeprowadzać na jego obszarze prace mające na celu ochronę zbiornika.

Łebsko pada również ofiarą napływających do niego zanieczyszczeń. Są to głównie składniki odżywcze (głównie azot i fosfor), spływające z okolicznych pól i łąk, które powodują zarastanie zbiornika roślinnością (głównie szuwarem oczeretowym i trzciną).