Bazylika posiada wiele cennych zabytków malarstwa i rzeźby gotyckiej, manierystycznej i barokowej i sporo z nich stanowi dzieła najwyższej klasy artystycznej i historycznej.

Wśród zabytków średniowiecznych na uwagę zasługują liczne figury, retabula ołtarzowe (nastawy ołtarzowe w formie tryptyków i poliptyków tworzące zamkniętą kompozycję) lub ich fragmenty pochodzące zarówno z okresu krzyżackiego, jak i polskiego, będące fundacją gdańskiego mieszczaństwa. Do najstarszych dzieł średnowiecznych należą: Piękna Madonna, Pieta z ok. 1390 roku nieznanego artysty, Św. Jerzy pokonujący smoka, Maria i Jan w kaplicy Jedenastu Tysięcy Dziewic i in. Odrębną kategorię tworzą zabytkowe nagrobki posadzkowe, epitafia obrazowe i totenschildy z herbami zmarłych z luterańskiej społeczności gminy ewangelickiej.