Kolejnym zabytkowym kościołem Brugii jest kościół Najświętszej Marii Panny, wewnątrz którego znajduje się rzeźba Michała Anioła.

Kościół został zbudowany w latach 1290-1549. Jego charakterystycznym elementem jest wysoka na 122,30 m ceglana wieża, druga co do wysokości ceglana wieża na świecie, po wieży kościoła św. Marcina w Landshut (130,6 m) w Niemczech, w Bawarii. W prezbiterium za głównym ołtarzem znajdują się grobowce księcia Burgundii Karola Śmiałego i jego córki, księżnej Marii. Pozłacane brązowe figury ojca i córki spoczywają na płytach z czarnego kamienia. Oboje mają korony na głowach, a książę jest w pełnej zbroi z Orderem Złotego Runa.