Jan Alojzy Matejko urodził się 24 czerwca 1838 roku w Krakowie.

Ojcem malarza był Franciszek Ksawery Matejko, który był Czechem z Roudnicy, z okolic Hradec Kralove. Pochodził z rodziny chłopskiej. Przeprowadził się do Galicji, gdzie pracował w charakterze guwernera i nauczyciela muzyki. Początkowo pracował u rodziny Wodzickich w Kościelnikach (obecnie jest to część Nowej Huty), a następnie przeprowadził się do Krakowa.

Matka, Joanna Karolina Rossberg, miała korzenie niemieckie. Wywodziła się z polsko-niemieckiej zamożnej rodziny rymarzy.

Matka była protestantką, a ojciec katolikiem. Rodzice Matejki pobrali się i zamieszkali w Krakowie przy ulicy Floriańskiej.