Nil przepływał przez obszar wschodniej Libii w miejscu, które dziś nazywamy Wadi al Hamim i Wadi al Maqar i wpadał do zatoki Wielka Syrta, a więc ponad 1000 km na zachód od dzisiejszego ujścia rzeki. Gdy poziom wód podniósł się pod koniec ostatniej epoki lodowcowej, większość wody zaczęła płynąć obecnym korytem. Początek obecnego koryta rzeki znajduje się nieopodal dzisiejszego miasta Asjut w Egipcie.
