W czasie I wojny światowej, w sierpniu 1917 roku, ojciec Pio został powołany do wojska.

W klasztorze, łącznie z ojcem Pio służyło w tym czasie siedmiu zakonników. Pio zajmowała się nauczaniem w seminarium, był także przewodnikiem duchowym. Gdy pięciu zakonników zostało powołanych do wojska, na ojcu Pio spoczęła odpowiedzialność za cały klasztor. Wkrótce on sam został powołany i mimo słabego zdrowia został przydzielony do czwartego plutonu Włoskiego Korpusu Medycznego. Gdy ujawniły się poważne problemy ze zdrowiem został zwolniony z wojska i wrócił do klasztoru w San Giovanni Rotondo.