Po powrocie do San Giovanni Rotondo, ojciec Pio został przydzielony do parafii Matki Bożej Anielskiej w Pietrelcinie.

Był w parafii ceniony, ludzie przybywali tam chętnie, gdyż krążyły plotki na temat dokonywanych przez Pio cudów. Jego przełożeni w klasztorze uznali, że w związku z tym powinien powrócić do macierzystego klasztoru, gdzie był przewodnikiem duchowym dla wielu wiernych, których uważał za swoje córki i synów.