Stygmaty na ciele ojca Pio były jego wielkim utrapieniem.

Powodowały ogromny ból, ale też budziły jego ogromne zakłopotanie. Zawsze starał się ukryć je przed wzrokiem wiernych, dlatego na większości fotografii występuje w czerwonych rękawiczkach i czarnych osłonach na rękach i nogach. Ponoć w momencie śmierci ojca Pio stygmaty zniknęły nie pozostawiając blizn. Lekarze, którzy badali ciało zakonnika po śmierci ustalili, że jest ono całkowicie pozbawione krwi.