Walory przyrodnicze Pienin doceniono już dawno, pierwsze wzmianki o konieczności ochrony przyrody tych gór pojawiły się w dokumentach starostów czorsztyńskich już w 1625 roku.

W 1751 roku badała je ekipa naukowców z Wiednia, a liczba późniejszych wybitnych badaczy Pienin przekracza sto nazwisk. Jednak właściwa historia parku sięga roku 1921, kiedy to z inicjatywy prof. Władysława Szafera, który po wizycie w amerykańskim Yellowstone postanowił za wszelką cenę przenieść ideę tej formy ochrony przyrody do Polski, powstał rezerwat dla ochrony łąk wokół ruin Zamku w Czorsztynie.  Profesor Szafer pisał: "Najwięcej do ideału zbliża się taki park narodowy, w którym przyroda chroniona jest absolutnie i pod każdym względem, a wpływ człowieka w nim jest ściśle ograniczony (...) jako ogólną zasadę racjonalizacji każdego parku narodowego przyjąć należy to, że ma on przede wszystkim spełniać swe naczelne zadanie, to znaczy być ostoją dla pierwotnej przyrody".