Oboje rodzice zmarli w 1694 roku, najpierw matka, a dziewięć miesięcy później ojciec. Wychowaniem i edukacją Jana a także jego brata Johanna Jakoba zajął się najstarszy brat, Johann Christoph, organista z Ohrdruftu. Pod okiem brata Jan doskonalił umiejętność gry na organach. Zdobył też praktyczną wiedzę na temat budowy organów, gdyż przyglądał się montowaniu nowego instrumentu w kościele, w którym pracował jego brat.
