Bona Sforza umarła w bólu i upokorzeniu i po śmierci została odarta z resztek ludzkiej godności.

Po śmierci ciało jej potraktowano tak, jakby była żebraczką, a nie władczynią. Niedbale wycięto jej wnętrzności i wrzucono je do przypadkowych, popękanych naczyń. Same zwłoki umieszczono w prostej sosnowej trumnie pozbawionej krzyża. O ciało władczyni nikt nie dbał, bo włoski dwór zorganizowany przez jej mordercę, Jana Wawrzyńca Pappacodę rozpierzchł się na wieść o jej śmierci. Ciało porzucono w zamkowej kaplicy, gdzie omal nie spłonęło, gdyż ktoś przewrócił lichtarz ze świecami. Później trumna została przeniesiona do zakrystii kościoła św. Mikołaja. Przez długie lata doczesne szczątki Bony uchodziły za rodzaj jarmarcznej atrakcji (papież ją ekskomunikował jako sojuszniczkę skłóconych z nim Habsburgów i stanowczo sprzeciwił się katolickiemu pochówkowi). Księża pokazywali wybranym gościom szczątki Bony, a oni dziwili się, że zgniła jej tylko jedna warga. Dopiero jej córka, Anna Jagiellonka, cztery dekady później zapewniła matce godny pochówek.