W tym czasie pojawili się na tych terenach Arabowie, szerząc islam i kulturę arabską.

Panujący Mutesa I przyjął islam i nawiązał kontakty z innymi państwami afrykańskimi (Egiptem i Zanzibarem), a także z Brytyjczykami. Już od połowy XIX wieku zaczęli przybywać tam misjonarze, a w 1888 roku działalność rozpoczęła Brytyjska Kompania Wschodnioafrykańska, która objęła Bugandę protektoratem. W początkach XX wieku protektorat brytyjski rozszerzył się na cały kraj.