Tak jak inne owoce posiada trzy warstwy: egzokarp, mezokarp i endokarp. Egzokarp stanowi tu błyszczącą zewnetrzną skórkę, zwykle w kolorze żółto-zielonym do żółto-brązowego. Mezokarp składa się z grubej warstwy włókien zwanej koirą. Zdrewniały endokarp tworzy pestkę, tzw. orzech kokosowy, w której znajduje się pojedyncze nasiono.
Endokarp ma grubość około 4 milimetrów i posiada trzy charakterystyczne otwory kiełkowania (mikropyle) na dystalnym końcu. Tylko jeden z nich jest funkcjonalny, pokryty miękką skorupą, przez którą może się przebić kiełkujący pęd. Pozostałe dwa są zasklepione. Wewnętrzną ścianę nasienia wyścieła gruba warstwa stałego bielma, która po wysuszeniu nosi nazwę kopry.
Wnętrze nasiona wypełnione jest płynną postacią bielma, tzw. wodą kokosową. Mały cylindryczny zarodek osadzony jest w litym bielmie, bezpośrednio pod funkcjonalnym otworem kiełkowania.
