Zasolenie jest zróżnicowane w zależności od obszaru. Północna część, w zasadzie słodkowodna, przechodzi w słoną - w części środkowej i południowej (10-12 promili) - aż do bardzo słonej, o zasoleniu nawet 300 promili, w zamkniętej zatoce Kara-Bogaz-Goł.