Ojciec Paula był dziennikarzem gazety "Le National", matka zaś była córką Flory Tristan, znanej we Francji socjalistki i pisarki, jednej z pierwszych francuskich feministek. Narodziny Gauguina przypadły na burzliwy okres Wiosny Ludów. Ojciec Paula był zagorzałym antymonarchistą i z obawy przed represjami postanowił wyjechać z rodziną do Peru, gdzie mieszkali krewni matki Gauguina.