Mozart zmarł jako bardzo młody człowiek, miał dopiero 35 lat. Zmarł w Wiedniu 5 grudnia 1791 roku.

Przez długie lata nie wiadomo było, co było powodem jego śmierci. Wprawdzie za bezpośrednią przyczynę uznaje się upust krwi dokonany przez medyka na dwie godziny przed śmiercią, ale kompozytor już wcześniej cierpiał prawdopodobnie na gorączkę reumatyczną z reumatoidalnym zapaleniem stawów, z bardzo wysoką temperaturą i jednoczesnymi powikłaniami neurologicznymi.

Został pochowany w grobie 3 klasy, jak większość mieszkańców Wiednia. Pochówek taki warunkowały dwa zarządzenia Józefa II Habsburga, które narzucały poszczególne elementy pogrzebu.