Wykopaliska rozpoczęto dopiero w 1994 roku, a od roku 1995 zajmował się nimi Klaus Schmidt, uczeń archeologa Haralda Hauptmanna, który zainicjował prace wykopaliskowe na prehistorycznym stanowisku Gobekli Tepe.

Choć Klaus Schmidt wiele lat przepracował w Turcji na różnych stanowiskach archeologicznych, odkrycie Gobekli Tepe przerosło jego najśmielsze oczekiwania. Ujrzał tam ogromną liczbę odłamków krzemienia, a pod powierzchnią ziemi odkrył starannie wyrzeźbione kamienie, a potem krąg stojących kolumn. Zdał sobie sprawę, że w tym miejscu przed tysiącami lat pracowały dziesiątki, a nawet setki ludzi. Wykopaliska kontynuował aż do swojej śmierci w 2014 roku, później pracę przejął jego zespół. Odbywają się one pod nadzorem ekspertów z Niemieckiego Instytutu Archeologicznego przy współpracy  Muzeum z Sanliurfy. Są wśród nich specjaliści zajmujacy się okresem neolitu i specjaliści zajmujący się badaniem stratygrafii gleby (rozmieszczenie warstw, które wiele mówi o historii tych budowli i samego miejsca).