Krokodyle nie żują pokarmu, lecz połykają nierozdrobniony. Jeśli okazuje się za duży, rozrywają ofiarę na mniejsze kawałki. Układ pokarmowy jest dość krótki, z otworu gębowego zdobycz wędruje do dwukomorowego żołądka. W pierwszej komorze (żołądku mięśniowym) pokarm jest mechanicznie rozdrobniony a stamtąd trafia do komory trawiennej, w której znajdują się enzymy trawienne. Trawienie krokodyli uwarunkowane jest temperaturą otoczenia i w wyższej proces przebiega szybciej.
