Na czele imperium stał Sapa Inca, uważany za istotę boską. Druga osobą zaraz po władcy był główny kapłan Willaq Umu, najczęściej brat króla lub ktoś blisko z nim spokrewniony. Państwo było zbudowane na zasadzie federacji czterech regionów zwanych suyu. Regiony te były podzielone na mniejsze prowincje zwane wamani.
