Jan Sobieski pochodził z rodu Sobieskich z Sobieszyna - wsi szlacheckiej stanowiącej gniazdo rodu.

Jego ojcem był działacz polityczny Jakub Sobieski (pod koniec życia kasztelan krakowski), a dziadkiem Marek Sobieski - magnat, wojewoda, kasztelan lubelski, chorąży wielki koronny, starosta łucki. Obaj, oprócz sprawowania wysokich funkcji państwowych, odznaczyli się zasługami na polu walki (Marek, jako wprawny szermierz, cieszył się zaufaniem i uznaniem Stefana Batorego). Natomiast matką Jana Sobieskiego była Zofia Teofila z Daniłowiczów Sobieska , córka wojewody ruskiego Jana Daniłowicza i Zofii z Żółkiewskich - córki hetmana Stanisława Żółkiewskiego. Rodzice Sobieskiego posiadali siedmioro potomstwa, z czego jedynie czworo dożyło dorosłości: Marek - rotmistrz wojsk koronnych, który zginął w niewoli tatarskiej (trafił do niej po bitwie pod Batohem, gdzie pojmały go wojska Chmielnickiego), Katarzyna - żona Michała Kazimierza Radziwiłła i Anna - wstąpiła do zakonu benedyktynek, gdzie zmarła w wieku 19 lat.