Jan, a także jego brat Marek, otrzymali staranne wykształcenie.

Jakub Sobieski bardzo zabiegał o gruntowną znajomość przez synów kilku języków obcych. Dbał, aby oprócz nauki słownictwa i gramatyki, chłopcy uczyli się języków obcych poprzez konwersację, gdyż, jak twierdził "milczeniem żaden się żadnego języka nie nauczył". Nauka odbywała się według szczegółowej instrukcji sporządzonej przez ojca, która obejmowała, oprócz języków obcych i innych dziedzin nauki, także ćwiczenia pobożności, relaks i utrzymywanie higieny osobistej.