Dalsze kształcenie braci odbywało się w Krakowie, w Kolegium Nowodworskiego.

Jan i Marek przybyli do Krakowa w 1640 roku, jednak zanim zapisali się do szkoły, na prywatnych lekcjach pobierali naukę łaciny. Po kilku miesiącach dokształcania się, bracia znakomicie zdali egzamin wstępny, dlatego przyjęto ich od razu do klasy drugiej, tzw. "poetyki". Kształcenie w szkole odbywało się pod okiem znakomitych pedagogów, którzy odegrali ogromną rolę w ich wychowaniu. Nauczyciele owi lansowali model wodza-żołnierza, koncepcję rządów nad państwem wybitnej jednostki, zerwanie z powszechnymi nawykami szlacheckimi, stałe utrzymywanie gotowości bojowej państwa i zapewnienie skarbowi państwa odpowiednio wysokich dochodów.