Nie znana jest pierwotna nazwa miasta.

Istnieją pewne spekulacje powstałe po zanalizowaniu pieczęci znalezionych w Mohendżo Daro, że starożytna nazwa miasta mogła brzmieć Kukkutarma - "miasto koguta". Przypuszcza się, że mogły tam odbywać się walki kogutów, które mogły mieć dla miasta znaczenie rytualne i religijne, a udomowione koguty hodowano tam nie dla celów konsumpcyjnych, a właśnie rytualnych. Być może Mohendżo Daro było miejscem, z którego rozprzestrzeniła się na świat hodowla udomowionych kur. Współczesna nazwa tego miasta może być interpretowana jako "kopiec umarłych", ale też jako "kopiec Mohana", gdzie Mohan to Kryszna - główne bóstwo hinduizmu.