Przyczyną ich gwałtownej śmierci nie mógł być wybuch wulkanu, ponieważ w tym rejonie nigdy nie było aktywnego wulkanu.

Uczeni zastanawiają się czy któregoś dnia, na wzgórzu nieopodal miasta, nie doszło do potężnego wybuchu, w  wyniku którego, wszystkie budynki się stopiły, a szkielety w pobliżu miejsca eksplozji stały się radioaktywne. W 1987 roku profesor M. Dmitrijew wysunął hipotezę, według której starożytne miasto Mohendżo Daro spaliła gigantyczna błyskawica. Zjawisko takie występuje niezmiernie rzadko, ale może zaistnieć, zwłaszcza, że ruiny Mohendżo Daro znajdują się dokładnie na styku płyt tektonicznych: indyjskiej i euroazjatyckiej. W tym miejscu w skorupie ziemskiej występują ogromne naprężenia. Ciśnienie, które wytworzyło się na zetknięciu dwóch płyt mogło spowodować wystąpienie napięcia elektrycznego w warstwach skalnych zawierających kwarc. Między powierzchnią ziemi a wierzchnimi warstwami atmosfery występuje z kolei inny rodzaj napięcia. Kiedy oba nałożyły się na siebie, powstała niezwykłych rozmiarów błyskawica ( staroindyjskie mity wspominają o pewnym oślepiającym blasku).