Jego przyroda jest bardzo zróżnicowana ze względu na obecność Andów, lasów deszczowych Amazonii i Oceanu Spokojnego. Posiada czwarty co do wielkości las tropikalny i dziewiąty co do wielkości obszar leśny, zajmujący około 54% powierzchni kraju. Wilgotne lasy równikowe (selva) porastają tereny do wysokości 500-700 m n.p.m. Rosną w nich cenne gatunki drzew: mahoniowce, palisandry, kauczukowce i puchowce. W lasach równikowych górskich (500-1000 m n.p.m.) rosną charakterystyczne drzewa chinowe i drzewiaste paprocie. Do wysokości około 3000 m n.p.m. rosną tzw. lasy mgliste, z przewagą drzew iglastych.
