Choć ryzyko raka w zespole Downa nie ulega zmianie, ryzyko raka jądra i niektórych nowotworów krwi, w tym ostrej białaczki limfoblastycznej i ostrej białaczki megakarioblastycznej jest zwiększone.
Białaczka występuje od 10 do 15 razy częściej u dzieci z zespołem Downa. Natomiast ryzyko takich nowotworów jak rak płuc, piersi i szyjki macicy jest mniejsze, z najniższymi wskaźnikami u osób w wieku 50 lat lub starszych. Jedynie rak jądra występuje częściej w zespole Downa.