Kolejnym miejscem, do którego trafił Bach był dwór księcia Leopolda z Köthen.

Został tam kapelmistrzem 18-osobowej kapeli dworskiej, zatrudniającej kilku znakomitych muzyków. Władca doceniał talent kompozytora, znakomicie go wynagradzał i pozwalał mu na swobodę twórczą. A ponieważ był kalwinistą, nie zależało mu na kompozycjach sakralnych, dlatego większość powstałych w tym czasie dzieł mistrza ma charakter świecki. Powstały wówczas Koncerty brandenburskie, suity francuskie i angielskie, suity na wiolonczelę solo, sonaty i partity na skrzypce, pierwsze koncerty skrzypcowe i inne, oraz pierwszy tom dzieła Das Wohltemperierte Klavier.