Trudno ustalić kiedy zaczęto wytwarzać mozzarellę, z pewnością produkcja tego sera ma długą historię.

Historia mówi, że Rzymianie już w drugiej połowie I w p.n.e. jako pierwsi na świecie wytwarzali ser z mleka owczego. Przypuszcza się, że mozzarella ma nieco późniejsze pochodzenie. 

Według legendy, w III w n.e. włoscy mnisi z San Lorenzo di Capua wytwarzali ser mozza. Nazwa ta oznacza "odrywać się", co prawdopodobnie określało fakt, że warstwy tego sera łatwo można rozdzielać .

Są też sugestie, że nazwa mozzarella pochodzi od słowa "mozzatura", które opisuje proces wytwarzania sera, polegający na dzieleniu fragmentów sera na mniejsze części.