Kontynuował politykę tolerancji wobec mniejszości i utrzymywał pokojowe stosunki z sąsiednimi krajami (wyjątek północna wojna siedmioletnia, której celem było zabezpieczenie handlu bałtyckiego.)
Swoje rządy opierał początkowo na Senacie, ale potrzeba uzyskania funduszy na prowadzenie wojen, skłoniła go do sojuszu ze szlachtą. Podczas sejmu w Piotrkowie Trybunalskim (1562-1563) uchwalono egzekucję dóbr królewskich i utworzono stałe wojsko zaciężne, tzw. kwarciane.
Król dzięki poparciu szlachty i dzięki wprowadzeniu reform mógł zaangażować się w politykę zagraniczną. Działaniami dyplomatycznymi doprowadził do sekularyzacji Zakonu Kawalerów Mieczowych i przyłączenia do Polski części Inflant, włączając Polskę w rywalizację o panowanie nad Morzem Bałtyckim.
Rozpoczął budowę polskiej floty wojennej, powołując w tym celu Komisję Morską. Utworzył pierwszą regularną marynarkę wojenną i pierwszą w Polsce regularną pocztę.










