Pierwsze próby objęcia ochroną przyrody rejonu Wigier podjęto na początku lat 20.XX wieku.

Nad brzegami jeziora Wigry powołano Stację Hydrologiczną, której badania spowodowały, że jezioro znane było na forum światowej hydrobiologii (stacji tej nie odbudowano po II wojnie światowej).

Problem ochrony tego rejonu powrócił dopiero w latach 50. XX wieku. Podjęto wówczas ochronę bobrów, które przybyły tam z rejonów Związku Radzieckiego (rodzime bobry praktycznie wtedy wyginęły). Utworzono rezerwat "Ostoja bobrów Stary Folwark" o powierzchni 120 ha, obejmujący ujście rzeki Czarna Hańcza do Wigier wraz z częścią jeziora. Kolejny rezerwat dla ochrony bobrów "Ochrona bobrów Zakąty" powstał w 1961 roku.

W 1976 roku powołano Wigierski Park Krajobrazowy, a w latach 80. podjęto działania zmierzające do przekształcenia parku krajobrazowego w park narodowy.