Przez obwód przepływa wiele rzek, ale najważniejszymi są Niemen i Pregoła.

Znajduje się tam wiele jezior, spośród których 38 ma powierzchnię większą niż 10 hektarów.

Najniżej położonym miejscem obwodu są depresje - poldery leżące w północnej części obwodu, przy granicy z Litwą, nad Zalewem Kurońskim, w rejonie sławskim.

Najwyższe wzniesienie ma wysokość 242 m n.p.m. i znajduje się niecały kilometr od granicy z Polską (Wzgórza Szeskie).