Długosz urodził się w Brzeźnicy na ziemi sieradzkiej.

Pochodził ze średniozamożnej rodziny szlacheckiej. Był synem Jana Długosza herbu Wieniawa, rycerza, który wsławił się w bitwie pod Grunwaldem. Dom rodzinny Długoszów znajdował się w Niedzielsku pod Wieluniem, ale rodzina przeprowadziła się do Brzeźnicy, gdyż ojciec Jana za zasługi w bitwie otrzymał  starostwo brzeźnickie.

Jego matką była Beata, córka Marcina z Borowna.