Był to wszechstronnie wykształcony człowiek o wiedzy medycznej, astronomicznej i astrologicznej.
Istnieją przypuszczenia, że był jednym z konstruktorów zegara słonecznego z katedry włocławskiej. Jego pomocnikiem przy konstrukcji miał być młody Kopernik.
Mikołaj Wodka urodził się w Kwidzynie około 1442 roku. Pochodził z rodziny mieszczańskiej. W latach 1462 - 1467 studiował astronomię i matematykę na Uniwersytecie Krakowskim. Tytuł magistra uzyskał dopiero po ukończeniu Universitas Istropolitana w Preszburgu.
Po otrzymaniu tytułu magistra i kilkuletniej przerwie został lektorem na Uniwersytecie Bolońskim, gdzie około 1480 roku uzyskał tytuł doktora medycyny.
Po otrzymaniu doktoratu zamieszkał w Poznaniu, gdzie do 1488 roku praktykował astrologię i medycynę. Mikołaja Kopernika poznał we Włocławku, gdzie przebywał najpierw jako nadworny lekarz biskupa Piotra z Bnina Moszczyńskiego a następnie kanonik katedry włocławskiej.
Około 1490 roku był nauczycielem Mikołaja Kopernika i być może podczas wspólnej pracy nad zegarem słonecznym udało się zaszczepić w młodym Koperniku ciekawość do "obrotów sfer niebieskich".
Mikołaj Wodka zmarł pod koniec 1494 roku.