Było to w okresie, gdy Bergoglio był przełożonym jezuitów argentyńskich. Oskarżenia się nie potwierdziły. Tuż po wyborze na papieża sprawa ta odżyła, rzecznik Watykanu przedstawił oficjalne stanowisko oświadczając, że wszelkie zarzuty są bezpodstawne, a nagonka na kardynała prowadzona była od bardzo dawna. Są dowody na godną postawę kardynała, który uczynił wiele aby ochronić licznych prześladowanych w czasie dyktatury wojskowej. Bergoglio doprowadził do przeproszenia przez argentyński Kościół Argentyńczyków za postawę kleru podczas brudnej wojny.
