Pochodził z wielodzietnej rodziny. Był drugim synem Juliusza Kolbego i Marianny z domu Dąbrowskiej. Miał czterech braci: Franciszka, Józefa (został później franciszkaninem i przyjął imię Alfons), Walentego i Antoniego (obaj zmarli w dzieciństwie).
Ojciec był etniczny Niemcem, pracował jako tkacz, matka była Polką, pracowała najpierw w sklepie, a później jako położna.
Oboje rodzice należeli do Trzeciego Zakonu Świętego Franciszka (Franciszkański Zakon Świeckich). Jest to międzynarodowe katolickie stowarzyszenie publiczne, którego członkowie uczestniczą w duchu zakonu franciszkańskiego, prowadząc życie apostolskie, dążące do doskonałości chrześcijańskiej.
Jego zbiory poświęcone są osobie św. Maksymiliana. Muzeum mieści się w zrekonstruowanym budynku mieszkalnym, stojącym w miejscu poprzedniego, w który urodził się święty.
Otwarcie muzeum nastąpiło w 100-lecie urodzin Kolbego, w dniu 9 stycznia 1994 roku.
Tam oboje rodzice znaleźli pracę. Tam też w 1902 roku Maksymilian przystąpił do pierwszej komunii świętej, a w 1907 przyjął bierzmowanie w kościele św. Mateusza.
W kościele tym dwunastoletni Maksymilian doznał widzenia Matki Bożej. Według relacji matki, opisanej w liście do franciszkanów z Niepokalanowa wynika, że jej syn modląc się w kościele, ujrzał Matkę Boską trzymającą dwie korony: białą, symbolizującą wytrwanie w czystości i czerwoną, która symbolizowała męczeństwo. Matka Boża spytała go, czy chce je przyjąć, a Maksymilian się zgodził. Wówczas Matka Boża spojrzała na niego i znikła.
Zmienili zdanie, gdy oświadczył im, że chce wieść życie konsekrowane. W 1907 roku Kolbe i jego starszy brat Franciszek wstąpili do zakonu franciszkanów. Maksymilian rozpoczął naukę w małym seminarium franciszkanów we Lwowie, a w 1910 roku rozpoczął nowicjat w zakonie franciszkańskim, przyjmując imię Maksymilian.
W 1912 roku rozpoczął studia w Krakowie, a kilka miesięcy później został wysłany do Międzynarodowego Kolegium Serafickiego w Rzymie. Śluby wieczyste złożył 1 listopada 1914 roku przyjmując imię Maria.
W 1917 roku otrzymał święcenia diakonatu, a rok później przyjął święcenia kapłańskie. Mszę świętą prymicyjną odprawił w bazylice św. Andrzeja delle Fratte w Rzymie.
Aktywnie krzewił kult Niepokalanej Maryi Panny. Był zagorzałym przeciwnikiem ruchów lewicowych, szczególnie komunistycznych.
Rok później został wysłany do Lwowa, gdzie w zastępstwie o. Walentego Katarzyńca objął kierownictwo nowicjatu. Nie trwało to jednak długo, gdyż zachorował na gruźlicę i zmuszony był wyjechać na leczenie do Zakopanego.
Wkrótce po tym, Kolbe zorganizował Militia Immaculatea - Armię Niepokalanej - która za wstawiennictwem Matki Bożej działała na rzecz nawrócenia grzeszników i wrogów Kościoła katolickiego, a szczególnie masonów.
Kolbe chciał, aby cały zakon franciszkański został poświęcony Niepokalanej dodatkowym ślubem. Pomysł zyskał aprobatę, ale nigdy nie został oficjalnie zatwierdzony przez hierarchię zakonu.
Od 1922 do 1926 roku prowadził w Grodnie wydawnictwo religijne. W miarę rozszerzania się jego działalności, w 1927 roku ufundował nowy klasztor franciszkanów konwentualnych w Niepokalanowie pod Warszawą, którego był pierwszym gwardianem.
Niepokalanów stał się ważnym ośrodkiem wydawniczym o charakterze religijnym. Oprócz "Rycerza Niepokalanej", od 1935 roku wydawany tam był również "Mały dziennik". Oba te pisma, oprócz tematów religijnych, poruszały także tematykę społeczną, polityczną i kulturalną.
W drukarni Niepokalanowa wydawano również miesięczniki dla dzieci - "Rycerzyk Niepokalanej" i "Mały Rycerzyk", a także "Biuletyn Misyjny".
W 1928 roku Kolbe powołał w Niepokalanowie nowicjat franciszkanów, a rok później Małe Seminarium Misyjne.
Najpierw wyjechał do Szanghaju, ale nie udało mu się tam stworzyć misji. Przeniósł się do Japonii, gdzie w 1931 roku założył klasztor franciszkański Mugenzai no Sono (Ogród Niepokalanej) na obrzeżach Nagasaki. Rozpoczął też wydawanie japońskiego wydania "Rycerza Niepokalanej".
Kolbe kazał wybudować klasztor na zboczu góry. Według wierzeń Shinto (religia Azji Wschodniej) nie była to strona najlepiej przystosowana do harmonii z naturą. Jednak kiedy Stany Zjednoczone zrzuciły bombę atomowa na Nagasaki, klasztor franciszkanów przetrwał, w przeciwieństwie do katedry Niepokalanego Poczęcia, która znajdowała się na zboczu góry, która przyjęła główną siłę wybuchu.
Kolbe udał się jeszcze do Malabar w Indiach. Założył tam kolejny klasztor, który od tego czasu jest zamknięty.
W Niepokalanowie uruchomił elektrownię, wprowadził dalekopis, zamierzał uruchomić telewizję, studio filmowe i lotnisko. Postanowił też uruchomić radiostację, ale obowiązujące wówczas przepisy nie dawały mu takiej możliwości. Dlatego zapisał się do PZK i został krótkofalowcem o identyfikatorze SP3RN, jako Radio Niepokalanów.
Stacja swym zasięgiem pokrywała praktycznie obszar całego kraju.
Po zajęciu miasta przez Niemców, działalność klasztoru została zawieszona, a Kolbe aresztowany 19 września. Zwolniono go na początku grudnia, ale odmówił podpisania Volkslisty, którą mu zaproponowano ze względu na jego etniczne niemieckie pochodzenie.
Nadal kontynuował pracę w swoim klasztorze, gdzie wraz z innymi braćmi udzielał schronienia uchodźcom z Wielkopolski. Ukrywał w klasztorze 2000 Żydów.
Otrzymał zgodę na dalsze publikowanie pism religijnych. Klasztor jako wydawnictwo działał nadal, wydając szereg antyhitlerowskich publikacji.
Kolbe wraz z czterema braćmi został aresztowany przez gestapo i osadzony na Pawiaku. 28 maja 1941 roku został przewieziony do Auschwitz i umieszczony tam jako więzień 16670.
W obozie nadal pełnił swoją posługę duszpasterską, za co poddawany był brutalnym szykanom i biciu. Został nawet przemycony przez zaprzyjaźnionych więźniów do obozowego szpitala.
Zastępca komendanta obozu, SS Hauptsturmführer Karl Fritzsch wybrał dziesięciu mężczyzn na śmierć głodową w podziemnym bunkrze, aby pokazać innym więźniom, że ucieczka nie popłaca. Kolbego nie było w grupie dziesięciu wybranych mężczyzn, ale gdy usłyszał wołanie jednego z nich: "Moja żona! Moje dzieci!", zgłosił się na ochotnika, zajmując jego miejsce. Tym uratowanym więźniem był Franciszek Gajowniczek.
Przebywając ze skazanymi na śmierć głodową, wspierał ich modlitwą. Strażnicy widzieli go zawsze bądź w pozycji klęczącej, bądź stojącego na środku celi, spokojnie patrzącego im w twarze.
Strażnicy chcąc opróżnić bunkier, dali Kolbemu śmiertelny zastrzyk kwasu karbolowego (fenolu). Mówi się, że Kolbe ze spokojem wyciągnął lewą rękę i z godnością oczekiwał na wstrzyknięcie trucizny.
Zmarł 14 sierpnia 1941 roku. Jego ciało zostało spalone w krematorium 15 sierpnia, w święto Wniebowzięcia NMP. Jego prochy zostały rozrzucone po okolicznych polach.
W 1969 roku papież Paweł VI podpisał dekret o heroiczności jego życia i cnót. Od tego momentu przysługiwał mu tytuł Czcigodnego Sługi Bożego. Aby doszło do beatyfikacji, konieczny był fakt dwóch cudownych uzdrowień za przyczyną Kolbego. Fakty takie ustalono i po weryfikacji przez Radę Lekarską, Kongregacja Spraw Kanonizacyjnych wydała dekret uznający fakt cudownych uzdrowień.
Papież wyraził zgodę na beatyfikację, która odbyła się w Rzymie, w bazylice św. Piotra 17 października 1971 roku. Na beatyfikację przybyło około 150 tys. osób, w tym około 6 tys. Polaków.
Polskiej delegacji oficjalnej przewodniczył prymas Polski kardynał Stefan Wyszyński, obecny był m.in. przyszły papież, kard. Karol Wojtyła oraz Franciszek Gajowniczek - więzień Auschwitz, ocalony przez Kolbego.
Włosy zachował fryzjer zakonny, który umieścił je w dwóch kopertach. W jednej były włosy pochodzące ze strzyżenia jeszcze przed wyjazdem do Japonii, a w drugiej włosy pochodzące z ogolonej brody w 1939 roku. Obecnie relikwie te eksponowane są w relikwiarzu.
W celi klasztornej oraz w kaplicy w Niepokalanowie przechowywane są relikwie II klasy, takie jak jego rzeczy osobiste: strój i szaty liturgiczne.
Chociaż jego poświęcenie w Oświęcimiu było uważane za święte i heroiczne, nie został on zabity z odium fidei (nienawiści do wiary), ale w wyniku chrześcijańskiego aktu miłosierdzia wobec drugiego człowieka.
Jan Paweł II stwierdził jednak, że nienawiść nazistów do całej ludzkości była z natury również nienawiścią do wiary religijnej i że śmierć Kolbego równa jest wcześniejszym przykładom męczeństwa religijnego.
Od czasów studiów w Rzymie znana była niechęć Kolbego do masonów. W pierwszym numerze miesięcznika "Rycerz Niepokalanej", który ukazał się w 1926 roku, powiedział on, że masonów uważa za "zorganizowaną klikę fanatycznych Żydów, którzy chcą zniszczyć Kościół". W wielu innych wydaniach pojawiły się równie negatywne wobec Żydów stwierdzenia. Kolbe zawsze jednak twierdził, że wśród Żydów można zawsze znaleźć dobrych ludzi. Wielu badaczy zwracało uwagę, że kwestia żydowska odgrywała bardzo niewielką rolę w myśli i twórczości Kolbego.
Zarzuty o antysemityzmie Kolbego zostały potępione przez niektórych badaczy Holokaustu. Wiadomo, że w czasie II wojny światowej klasztor w Niepokalanowie chronił żydowskich uchodźców. Z relacji jednego z zakonników wynika, że kiedy Żydzi przyszli prosić go o kawałek chleba, on zwrócił się do Kolbego z pytaniem, czy może to zrobić z czystym sumieniem. Kolbe na to odpowiedział: "Tak, trzeba to zrobić, ponieważ wszyscy ludzie są naszymi braćmi".