Najwięcej jezior występuje na Płaskowyżu Centralnym - jezioro tektoniczne Alaotra, o powierzchni 900 km2, oraz Itasy, które jest pochodzenia wulkanicznego.
Wzdłuż wschodniego wybrzeża ciągnie się pas jezior przybrzeżnych, które są połączone kanałem Pangalanes. W południowo-zachodniej części wyspy znajduje się słone jezioro Tsimanampetsotsa.
