Bazylika wzorowana była na konstantynopolitańskiej bazylice świętych Apostołów. Była ona wówczas głównym miejscem pielgrzymkowym świata chrześcijańskiego. Po inwazji arabskiej na imperium bizantyjskie w latach 654-5 życie miejskie zaczęło skupiać się wokół wzgórza z bazyliką. Świątynię otoczono murami, a na szczycie wzgórza wzniesiono zamek - cytadelę. Najazd Turków seldżuckich spowodował przekształcenie bazyliki w meczet, a do grobu św. Jana można było dostać się jedynie za oplatą. Po inwazji mongolskiego wodza Tamerlana na Ayasoluk, w wyniku walk wzgórze zostało zniszczone , a bazylika zamieniona w gruzowisko.
