Nowy ląd, nad którym miał roztoczyć swoją władzę został nazwany Peru. Po powrocie do Ameryki Południowej okazało się, że państwo Inków jest już bardzo osłabione wojną domową i plagą ospy (lata 30 XVI wieku), która dziesiątkowała Inków. Według szacunków, w ostatnich latach istnienia imperium populacja zmniejszyła się o 95%. Do dziś badacze zastanawiają się dlaczego europejskie choroby tak szybko rozniosły się po całym imperium. Najbardziej prawdopodobną przyczyną był doskonały system dróg, dzięki któremu transmisja groźnych wirusów na znaczne odłegłości postępowała w zatrważającym tempie.
