Zarówno I, jak i II wojna światowa przyniosły Puszczy ogromne straty.

Władza radziecka wywiozła na wschód polską ludność zastępując ją niedoświadczonymi pracownikami leśnymi. Z kolei Niemcy, po 1941 roku chcieli wysiedlić całą ludność puszczy z obawy przed partyzantką. Dokonano pacyfikacji wsi puszczańskich, wysiedlono 7036 osób, a 601 zamordowano. Palono wsie i rabowano dobytek (inwentarz, plony), wycinano sady i zasypywano studnie. W lasach działały oddziały partyzanckie (wśród nich wyróżniała się grupa Nikora), a Niemcy powołali w Białowieży specjalny oddział do zwalczania partyzantów.