Do grupy endemitów zaliczany jest pszonak pieniński. Ta roślina o żółtych kwiatach rośnie wyłącznie na paru stanowiskach na terenie parku. Drugim endemitem jest mniszek pieniński, na którego można się natknąć jedynie na zboczach Trzech Koron. Gatunek ten uznawany jest za krytycznie zagrożony.
