Ponieważ nie udała się prowokacja z wypadkiem samochodowym kapłana, zapadła decyzja o uprowadzeniu go.

Akcję tę przeprowadzono 19 października 1984 roku. Popiełuszko przybył wtedy do Bydgoszczy na zaproszenie Duszpasterstwa Ludzi Pracy, do parafii Świętych Polskich Braci Męczenników. Wracając z Bydgoszczy do Warszawy, na drodze do Torunia, Jerzy Popiełuszko wraz ze swoim kierowcą Waldemarem Chrostowskim zostali uprowadzeni przez funkcjonariuszy SB. Księdza wyciągnięto z samochodu, pobito i wrzucono do bagażnika samochodu oprawców. Porwano także kierowcę, który jednak zdołał uciec z pędzącego samochodu. Zamknięty w bagażniku Popiełuszko usiłował się wydostać, więc "esbecy" co jakiś czas zatrzymywali się i bili go do nieprzytomności. W końcu pobitego i skrępowanego sznurami wrzucili do Wisły we Włocławku. Istnieje przypuszczenie, że w chwili wrzucania do wody ksiądz jeszcze żył. Zwłoki wyłowiono z zalewu na Wiśle 30 października 1984 roku. Ręce Popiełuszki były tak skrępowane, aby próby poruszania nimi zaciskały pętlę na szyi. Ciało obciążone było workiem wypełnionym kamieniami. Autopsja wykazała ślady torturowania.