W 2000 roku rozpoczęła się druga intifada (zwana także al-Aksa Intifada), a Izrael wybudował barierę (mur) oddzielającą Zachodniego Brzegu.

Podczas izraelskiego wycofania się z Gazy w 2005 roku, Izrael wycofał wszystkich osadników i wojsko ze Strefy Gazy, ale utrzymał kontrolę wojskową nad wieloma aspektami terytorium, w tym jego granicami, przestrzenią powietrzną i wybrzeżem.