Masło kakaowe znalazło zastosowanie w farmacji.

Po raz pierwszy zastosował je francuski aptekarz Antoine Baume w 1750 roku.
W recepturze aptecznej stosowane jest do wytwarzania stałych (czopki doodbytnicze, globulki dopochwowe, pręciki docewkowe i dopochwowe) oraz półstałych (maści, kremy, mleczka) postaci leków.
Masło kakaowe jest jednym z bardziej stabilnych tłuszczów, zawiera naturalne przeciwutleniacze zapobiegające jełczeniu, umożliwiające przechowywanie go bez dodatku konserwantów nawet przez okres pięciu lat.
Należy chronić je przed światłem i przechowywać w postaci nierozdrobnionej, w niskiej temperaturze.
Temperatura topnienia tłuszczu kakaowego wynosi 30–35 °C.