Uważa się, że cytron pochodzi z Indii, gdzie występował w dolinach u podnóża północno- wschodnich Himalajów.

Został udomowiony niezależnie w Indiach i Chinach. W dokumentach sporządzonych w Chinach za panowania dynastii Chou, obszernie opisano okrągławe owoce o pomarańczowym kolorze.

Pierwsze informacje o jego uprawie pochodzą z Persji, z roku 330 p.n.e. Gdy Aleksander Macedoński przemierzał Persję wraz ze swoimi wojskami, gaje cytronowe były tam już powszechne - prawdopodobnie cytrony zaczęto tam uprawiać w V wieku p.n.e. Aleksander Wielki nazwał cytron cudownym drzewem ze złotymi jabłkami.

W I wieku kucharz rzymski i jednocześnie medyk, polecał cytron jako jadalny owoc, który najlepiej serwować z octem i sosem na bazie ryb. Według niego, cytron posiadał działanie antyseptyczne i był pomocny przy niestrawności oraz truciznach.