Cytron jest wolno rosnącym niewielkim drzewem lub krzewem o wysokości od 2 do 5 metrów.

Drzewko posiada duże, lancetowatojajowate liście o drobno piłkowanych lub karbowanych brzegach, z wydatnymi żyłkami. Na pędach znajdują się grube, krótkie kolce. Nowe pędy maja charakterystyczny czerwono-fioletowy kolor.

Kwiaty cytronu są obupłciowe lub męskie. Mają czerwonawą, pięciopłatkową koronę, jeden słupek i liczne pręciki. Cytron w warunkach naturalnych zakwita przynajmniej dwa razy do roku. Wiosną i jesienią drzewa obsypują się intensywnie pachnącymi słodkawym zapachem kwiatami.

Owocem jest żółta, jajowata jagoda o długości 10-20 cm i wadze około 4-5 kg, posiadająca grubą, woskowatą i pomarszczoną skórkę. Miąższ cytronu jest żółty, podzielony na segmenty i kwaśny - nie nadaje się do spożycia.

Główną częścią owocu (do 70% masy) jest skórka i biały mezokarp (środkowa warstwa owocni).