Położony jest na wyspie o tej samej nazwie.

Jest także hrabstwem (county) w stanie Nowy Jork, w skład którego poza Manhattanem wchodzi kilka mniejszych wysepek: Roosevelt Island, Randall's Island, Wards Island, Liberty Island, Ellis Island Mill Rock i U Thant Island, a także Marble Hill - część hrabstwa położona na stałym lądzie, oddzielona od reszty Manhattanu kanałem Harlem Ship Canal, a później połączoną z Bronxem.

Powierzchnia hrabstwa pokrywa się z hrabstwem New York, jednym z pierwotnych hrabstw amerykańskiego stanu Nowy Jork.