Fauna Parku Narodowego Komodo jest połączeniem fauny azjatyckiej i australijskiej.

Fauna lądowa jest o wiele mniej zróżnicowana w porównaniu z fauną morską. Nie występuje tam wiele gatunków zwierząt lądowych, ale niektóre z nich mają charakter endemiczny i z punktu ochrony przyrody są ważne. Niektóre ssaki mają azjatyckie pochodzenie, jak gatunek jelenia (Rusa timorensis) - rusa jawajska, dziki, bawoły wodne, makaki krabożerne, cywety. Niektóre gady i ptaki pochodzą z Australii, np. zaroślówka pomarańczowonoga, kakadu żółtoczuba, czy mniszek hełmowy.

Na wyspach występuje dwanaście lądowych gatunków węży, między innymi kobra jawajska (Naja sputatrix), żmija Russella (Daboia russelii), żmija białowarga (Trimeresurus albolabris), pyton Timor (Pyton timoriensis). Wśród jaszczurek, obok warana z Komodo, spotykane są gekony, jaszczurki bez kończyn (Dibamidae). Wystepuje tam żaba rycząca azjatycka (Kaloula baleata), endemiczna żaba krzyżowa z Komodo (Oreophryne jeffrsoniana) i Oreophryne darewskyi, a także krokodyl słonowodny (Crocodylus porosus).

Na terenie parku występują też kozy, koty i psy, które są zdziczałe.