Miasto zostało założone w 1626 roku przez grupę angielskich osadników, w tym Rogera Conant'a, który uważany jest za jednego z założycieli.

Osada, która później stała się Salem, pierwotnie nosiła nazwę Naumkeag. Nadali mu ją rdzenni mieszkańcy tych terenów na początku XVII wieku, a oznaczała ona "miejsce połowów", bądź "krainę węgorza". Europejscy kolonizatorzy nazywali tych rdzennych mieszkańców ludem Naumkeag. Z chwilą przybycia Europejczyków populacja rdzennej ludności bardzo się uszczupliła (wojna z innymi plemionami indiańskimi oraz epidemia ospy prawdziwej w latach 1617-16190 i w 1633 roku).

Angielscy osadnicy spotkali się tam z oporem i niechęcią rdzennej ludności,  która wysuwała swoje roszczenia względem ziemi. Osadnicy zaproponowali odkupienie tych terenów za kwotę dwudziestu funtów.