Urodziła się około 1440 roku w jednej z zamożniejszych rodzin toruńskich. Jej ojciec, Łukasz był toruńskim ławnikiem.
Oprócz majątku w Toruniu, rodzina Watzenrode posiadała jeszcze majątek ziemski w Sławkowie w dzisiejszej gminie Chełmża.
Barbara miała dwoje rodzeństwa: siostrę Krystynę i brata Łukasza.
O Krystynie Watzenrode nie wiadomo zbyt wiele, urodziła się około 1450 roku.
Łukasz Watzenrode urodził się 30 października 1447 roku. W 1489 roku został mianowany biskupem warmińskim. Opiekował się młodym Mikołajem Kopernikiem a w 1497 roku mianował go kanonikiem warmińskim.
Łukasz pełnił istotną rolę w administracji Rzeczypospolitej, był komisarzem królewskim i jednym z sygnatariuszy konstytucji Nihil novi z 1505 roku.
Zmarł w roku 1512 w Toruniu podczas powrotu z zaślubin Barbary Zápolya z Zygmuntem I Starym.