W międzyczasie Piotr ożenił się z Eudoksją Łopuchiną, pochodzącą z bogatej bojarskiej rodziny

Piotra poślubiła krótko przed zamachem na jego życie, przygotowanym przez przyrodnią siostrę cara Zofię Romanową (Piotr zagrażał jej w drodze do tronu). Ze związku z Eudoksją urodziło się trzech synów: Aleksy Piotrowicz (którego później na polecenie ojca uwięziono, torturowano i stracono w Pietropawłowsku), Aleksander Piotrowicz i Paweł Piotrowicz. Małżeństwo jednak nie okazało się szczęśliwe, Piotr oddalił żonę, a później zamknął ją w klasztorze Pokrowskim w Suzdalu.